重大任務處是在所长领导下的一个管理职能部门，負責JG项目的组织策划及全过程管理，負責GF科技成果申报管理，国防科技类专家组织库申报管理，科技成果转移转化管理，横向項目管理，院地合作管理，知识产权体系建设和管理，保密管理体系及其信息化体系建设和管理，质量体系建设和管理，承制及生产许可资格认证体系建设和管理，外设分支机构监督管理和对外投资等工作。同时負責院军民融合办公室委托开展的各项工作。

    內設軍工辦公室、322工程專項辦公室、成果轉移轉化辦公室、質量管理辦公室、保密辦公室，具體職責如下：

    1、專項項目管理

    2、專項重點實驗室管理

    3、質量管理體系工作

    4、保密工作

    5、資格認證體系建設及管理工作

    6、知識産權管理

    7、院地合作與成果轉移轉化工作

    8、對外投資工作

    9、所領導交辦的其它任務